As drogas anti-retrovirais recomendadas para uso pediátrico fazem parte do grupo de dideoxinucleosídeos inibidores da transcriptase reversa. O zidovudine (AZT) foi aprovado para uso em crianças em maio de 1990 pelo FDA e é o que melhor atravessa a barreira hematoencefálica, característica importante devido ao grande comprometimento do sistema nervoso central neste grupo de pacientes. A dose utilizada é de l8Omg/m2 de superfície corpórea a cada seis horas ou 7,5mg/kg/dose a cada oito horas. O didanosine (DDI), em uso corrente desde outubro de 1991, apresenta limitações quanto a penetração no SNC, sendo indicado para uso combinado com o AZT, ou como monoterapia quando há condições que contra-indiquem o uso do zidovudine. Dose de 5mglkg/dose a cada 12 horas. O zalcitabine (DDC), não utilizado como monoterapia, pode ser indicado em combinação com AZT. A dose recomendada é O,0 I mg/kg/dose 8/8 h. O lamivudine (3TC) em fase terminal de estudo, também será uma opção terapêutica para estes pacientes, em combinação com o AZT. As combinações então, podem ser feitas com: AZT + DDI; AZT + DDC; AZT + 3TC (este último em fase de análises preliminares).

As drogas anti-retrovirais, recentemente lançadas no mercado, estão sendo testadas em crianças. O indinavir e o saquinavir, associados a um ou mais inibidor da transcriptase reversa, estão sendo avaliados em relação a tolerância, toxicidade e efeito antiviral, havendo resultados preliminares promissores